La recherche de l'Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEMLV)  s'inscrit pleinement dans le cadre du développement du PRES « Université Paris-Est » (UPE). Le PRES UPE a mis en place des espaces de coopération scientifique qui se construisent au sein de départements de recherche chargés, par grands champs thématiques et disciplinaires, de favoriser les échanges entre unités de recherche et de susciter des projets communs afin d'accroître les moyens, la visibilité internationale et l'attractivité de la recherche des établissements du PRES. Aujourd'hui, la production scientifique des unités de recherche du périmètre PRES est signée « Université Paris-Est » et les nouvelles Ecoles Doctorales du PRES sont portées par ces espaces thématiques et coïncident avec les périmètres de chaque département de recherche. Les pôles de recherche de l'UPEMLV  coïncident avec les départements de recherche du PRES UPE.

L'objectif de l'Université Paris-Est Marne-la-Vallée est de participer activement à l'ambition universitaire pour l'Est Francilien en matière de recherche, de contribuer significativement à porter, avec les autres membres, le PRES à un niveau d'excellence nationale et internationale et le rendre ainsi très attractif pour la recherche.